No local onde se encontra actualmente a Igreja da Misericórdia, construída entre 1685 e 1688, era outrora a Capela de São João Baptista (1260). Portanto, consideram-se as hipóteses de que a Igreja da Misericórdia, seja uma das mais antigas de Manteigas e de que esta possa ter sido sede da paróquia, suposição posta em evidência pelo facto de esta se situar na zona antiga da Vila, local onde terá irradiado o seu crescimento e desenvolvimento.
No ano de 1983 realizaram-se importantes obras para a ampliação e recuperação das instalações desta Igreja preservando-se peças de muita importância onde se destaca os notáveis blocos dos altares e do púlpito. O bloco do altar principal é o maior e, tal como os outros, é de talha marcadamente barroca. A imagem de Nossa Senhora da Misericórdia está colocada em nicho central. Lateralmente existem dois retábulos simétricos, estando no retábulo do lado esquerdo São Luís de Tolosa, e no lado direito São Pedro Mártir. As colunas do altar-mor são salomónicas. Toda a decoração é profundamente ornada de cachos de uva, folhagem e carrancas. Os altares laterais são igualmente de estilo barroco, com mais acentuada traça renascentista. Na nave principal, a meio da parede do lado esquerdo, existe um púlpito barroco, em madeira. Ainda na nave principal existe uma pia baptismal em granito constituída por uma peça única.
É um templo digno, com estima da Santa Casa da Misericórdia de Manteigas.